Salah satu permasalahan utama dalam pengelolaan wilayah pesisir dan pulau-pulau kecil adalah konflik pemanfaatan ruang. Banyaknya aktivitas yang mungkin dilakukan di kawasan pesisir dan pulau-pulau kecil, membuat kemungkinan terjadinya konflik dalam pemanfaatannya juga semakin besar. Hal ini mungkin terjadi karena kurangnya penataan atau pembagian kawasan perikanan dan non perikanan. Kasus tempat pendaratan kapal ikan yang bersaing dengan industri, penambangan pasir laut yang berdampak terhadap kegiatan perikanan, dan limbah industri yang mencemari perairan merupakan beberapa hal yang mungkin terjadi akibat kurang jelasnya penataan kawasan perikanan dan non perikanan. Pemerintah, diharapkan hadir dengan perannya yang signifikan. Penataan kawasan perikanan dan non perikanan dalam hal ini harus dapat dilakukan dengan sebaik mungkin. berbagai pertimbangan, baik teknis dan non teknis harus dipikirkan dalam penataan kawasan ini. sehingga dalam penerapannya diharapkan tidak menimbulkan perm